Tahun 1992 Keputusan Menteri Kesehatan Nomor: 282/MENKES/SK/IV/1992 tentang Organisasi dan Tata kerja Balai Pengamanan Fasilitas Kesehatan Jakarta dan Surabaya, dengan tugas melayani pengujian dan kalibrasi serta proteksi radiasi fasilitas kesehatan serta pembagian wilayah kerja sebagai berikut;
BPFK Jakarta, dengan wilayah Indonesia bagian Barat dan;
BPFK Surabaya , dengan wilayah Indonesia bagian Timur.
Tahun 1998 Peraturan Menteri Kesehatan Nomor: 363/MENKES/PER/IV/1998 tentang Pengujian dan Kalibrasi pada Sarana Pelayanan Kesehatan, menyatakan bahwa 125 alat kesehatan wajib diuji dan atau kalibrasi secara berkala sekurang-kurangnya satu kali dalam 1 (satu) tahun.
Tahun 1999 SK Menteri Negara Koordinasi Bidang Pengawasan Pembangunan dan Pendayagunaan Aparatur Negara Nomor: 447/M.K.Waspan/10/1999 tentang Unit Pengamanan Fasilitas Kesehatan di Medan dan Ujung Pandang yang disebut sebagai Kantor Pengamanan Fasilitas Kesehatan (KPFK).
Tahun 2000 Keputusan Menteri Kesehatan Nomor. 1164/MENKES/SK/VIII/2000 tentang Organisasi dan Tata Kerja BPFK. BPFK dimekarkan menjadi empat yaitu Jakarta, Surabaya, Medan dan Makassar. BPFK Jakarta dan Surabaya adalah BPFK type/kelas A dipimpin oleh pejabat eselon III.a, sedangkan BPFK Medan dan Makassar tipe B dipimpin pejabat eselon IIIb.
Tahun 2007 Peraturan Menteri Kesehatan No. 530/Menkes/Per/IV/2007, tentang Organisasi dan Tata Kerja BPFK. Keempat BPFK setara eselon III.a dengan penambahan satu struktural setara eselon IV.a
Tahun 2008 Dibentuk empat unit fungsional Pengamanan Fasilitas Kesehatan di Solo dan Palembang dengan pengampu BPFK Jakarta, Unit Fungsional Pengamanan Fasilitas Kesehatan Banjarmasin dengan pengampu BPFK Surabaya dan Unit Fungsional Pengamanan Fasilitas Kesehatan di Jayapura dengan pengampu BPFK Makassar
Jl. Perintis Kemerdekaan Km. 11 Makassar, Sulawesi Selatan